Concours UPF 2014-2015

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Concours UPF 2014-2015

Message par Juliette le Dim 2 Avr - 6:54

Salut salut, je me lance dans la biomol et j’ai quelques petites questions ! Si quelqu’un a le temps, compris et la gentillesse de me répondre ça serait vraiment génial et je l’en remercie d’avance !

Pour le QCM 34D : « La liaison phosphodiestérique se fait entre 2 nucléotides triphosphate ou entre une chaîne nucléotidique et un nucléotide triphosphate. » Dans la correction on ne sait pas vraiment si l’item est juste ou faux, du coup j’ai un peu cherché et j’ai vu le diapo 15 du 1er cours il y a marqué NTP + NTP → NTP-NMP + Pi (avec N n’importe quelle base en général) et pour la chaîne on voit dans le schéma juste à côté qu’il y a une nucléotide triphosphate en bout de chaîne, donc d’après moi il est juste : la liaison se fait entre deux nucléotides triphosphates et l’une d’entre elle va devenir monophosphate. Est-ce que mon raisonnement vous paraît correct ?

Pour le QCM 35A « Dans la conformation B de l’ADN, les paires de bases sont coplanaires, parallèles entre-elles et perpendiculaires à l’axe de l’hélice » Qu’est ce qu’elle entend par conformation B de l’ADN ? C’est bicaténaire ?

Pour le QCM 35E « Les séquences uniques sont abondantes dans les plus grands génomes. » La correction dit « Vrai, elle met faux mais logiquement un génome contient des séquences uniques que l’on appelle mini ou micro satellite en fonction du nombre de bases répétées. Plus le génome est grand et plus la probabilité d’en croiser est importante. » Je suis d’accord avec elle mais on peut aussi voir le truc différemment : d’après le diapo 13 du 2e cours, les gènes uniques ou séquence unique se sont les gènes codants pour des protéines alors que les séquences hautement répétitives ce sont les séquences non codantes (télomères etc.) et les moyennement répétitives ce sont les séquences codant pour les ARN etc. Du coup on peut considérer que les séquences uniques sont moins nombreuses parce que dans les grands génomes : 90% du génome ne code pas pour les protéines et que les génomes des procaryotes sont très compacts avec toutes les séquences qui codent pour les protéines.

Pour le QCM36A « Dans l’expérience de Meselson-Stahl, pour le modèle dispersé, on obtient le même résultat pour 2 divisions cellules avec une seule bande d’ADN à une densité intermédiaire entre N14 et N15 ». Même en regardant le schéma je n’ai pas très bien compris est ce que quelqu’un pourrait m’expliquer ?

Pour le QCM36B « Les plasmides bactériens et les génomes mitochondriaux ont une seule origine de réplication, tandis que les chromosomes procaryotes et les eucaryotes ont plusieurs origines de réplications ». Pour moi elle est bien fausse, je n’ai pas compris du tout la justification (fin si je l’ai compris mais je comprends pas en quoi ça explique que ce soit faux : « Faux, on attend des plasmides, qu’ils soient procaryotes ou eucaryotes, d’avoir une seule origine de réplication. Le plasmide est un chromosome circulaire. Si on le coupe une fois ca devient une ligne a laquelle on peut ajouter une séquence nucléotidique. Le plasmide est refermé en un point et reformer un cercle. Si on coupe à plusieurs endroits ce chromosome circulaire, on va avoir plusieurs fragments linéaires. Au moment du « recollage » on peut avoir échanges des fragments. L’alignement n’est donc plus respecté et on ne peut plus répliquer ce chromosome comme on le souhaite. »). Pour moi les plasmides ont bien une origine de réplication unique, les eucaryotes il y en a plusieurs. L’erreur dans l’item est que les procaryotes ont une origine de réplication unique.

Pour le QCM 36C « Pendant la réplication, la primase intervient une seule fois sur le brin avancé et au début de chaque fragment d’Okazaki, sur le brin retardé » dans la correction il y a juste « ? » Moi je la considère juste (fragment d’Okazaki c’est un fragment du brin retardé)

Pour le QCM 36D « Les ligases font des liaisons phosphodiestériques entre 2 fragments d’ADN double brin » Elle la considère juste moi je ne suis pas d’accord entre 2 fragments d’ADN doubles brins ce sont des liaisons hydrogènes. C’est entre 2 fragments d’un brin que la ligase permet des liaisons phosphodiestériques non ? A part si on considère c’est un brin de l’ADN double brin et pas comme je l’ai vu entre les 2 brins d’ADN double brins ?

Pour le QCM 36E « Chez les eucaryotes, la primase est associée à l’ADN polymérase δ mais pas à l’ADN polymérase α » Dans la correction il y a « ? » pour moi elle est fausse, la primase est associée à l’ADN polymérase α mais pas à l’ADN polymérase δ (c’est l’inverse)

Juliette

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Re: Concours UPF 2014-2015

Message par Margaux le Jeu 6 Avr - 23:31

Bonjour à tous !

C’est moi qui ai fait la correction de biomol donc je vais essayer de répondre à toutes tes questions et si jamais qqch n’est pas clair, ou que tu souhaites un schéma ou une explication plus détaillée, n’hésite pas.

QCM 34D : La liaison phosphodiestérique diesthérique fait le pont entre le carbone 3’ du sucre du premier nucléotide et le phosphate qui est lié en 5’ au deuxième nucléotide. MAIS elle ne se fait pas entre deux nucléotides triP.
On trouve une base + ac triP uniquement en bout de chaine. L’ac ti P apporte une protection contre les attaques éventuelles. Toutes les bases sont liées avec un P, mais pas 3.

Les NTP, NMP … sont des substrats cellulaires. Ils servent à la production de nucléotides. Vous ne l’avez pas encore fait en cours, et je pense que vous n’aurez pas le temps.

QCM 35A : L’ADN peut prendre différentes conformations, en fonction de sa localisation, de l’être vivant ect…
Le B signifit bien bicaténaire, C’est l’ADN le plus courant, c'est à dire celui sous forme de double hélices 3D …
Normalement elle parle en plus de l’ADN A et Z.
Si jamais vous voulez un tableau avec les différentes caractéristiques, n’hésitez pas !

QCM 35E : En effet, je n’avais pas vu les choses sous cet angle là. C’est une question à lui poser.

QCM 36A : C’est normal que tu n’aies pas compris puisque vous ne l’avez pas encore fait en cours.

Au moment où l’on a commencé à chercher comment la réplication était faite, 3 modèles ont été envisagés :
Modèle conservatif : à partir d'une molécule d'ADN, on forme une nouvelle molécule d'ADN sans "toucher" à la première. On garde donc ici une molécule "mère" non modifiée (elle est donc conservée).

Modèle semi-conservatif : chaque brin de la molécule à répliquer sert de matrice à la synthèse d'un brin complémentaire, pour obtenir deux molécules d'ADN identiques. Chaque nouvelle molécule "fille" ne conserve donc que la moitié de la molécule "mère".

Modèle dispersif : aucun brin n'est conservé intact. Les deux molécules "filles" sont créées à partir de fragments de la molécule "mère" dispersés dans chacune des deux molécules et de copies de ces fragments.

Le principe est le suivant :
On cultive des bactéries sur un milieu contenant de l’azote lourd qui est le N15, sachant que l’azote naturel N14 est léger.
L’ADN de ces bactéries est donc maintenant constitué d’azote lourd N15.

On met ces bactéries dans milieu ne contenant que de l’azote léger N14. La bactérie étant cultivée dans ce nouveau milieu, il y a synthèse d’ADN.
Cette synthèse ne sera donc constitué d’azote N14 (puisque c’est notre milieu de culture).
Les divisions de ces bactéries sont synchronisées (ne pas chercher plus loin, retenez juste ca).

En fonction des modèles, les résultats ne sont pas les meme. Le schéma suivant donne les différentes possibilités.


Pour savoir quel modèle a été privilégié, on extrait l’ADN des bactéries après la premiere, la deuxième et la troisième réplications.
On regarde la position des ADN par densité optique afin de connaître leur quantité d’azote lourd N15.




On obitent le résultat suivant :


Après la 1ère division (donc première réplication de l’ADN), il n’y a que de l’ADN hybride (contenant 14N et 15N). Ensuite, après la deuxième réplication, il y a de l’ADN hybride et de l’« ADN 14N ». Cette configuration ne peut correspondre que à l’hypothèse du modèle semi-conservatif.

L’expérience montre que la réplication de l’Adn se fait selon e modèle semi conservatif.

QCM 36B :  
Vous n’avez pas encore fait les plasmides donc c’est normal que tu ne comprennes pas la justification. Quand vous aurez fait le cours, si tu ne comprends pas, repose la question mais je pense que ca te paraitra clair quand tu l’auras compris ☺

QCM 36D : La ligase sert à relier un fragment d’ADN qui aurait été couper en deux. On ne parle pas du brin complémentaire. La ligase fait une liaison phosphodiestérique.
Mais tu as raison, entre deux brins, se sont bien des liaisons H qui se font naturellement.

Margaux

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Re: Concours UPF 2014-2015

Message par Margaux le Jeu 6 Avr - 23:33

PS: forcement les images ne se sont pas mises, je vous mets les liens pour aller les voir.

Visualisation des différentes hypothèses:
http://www.svt-biologie-premiere.bacdefrancais.net/meselson2.gif

Résultats des différentes expériences:
http://www.svt-biologie-premiere.bacdefrancais.net/meselson3.jpg

Margaux

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Re: Concours UPF 2014-2015

Message par Marion Lemee le Ven 7 Avr - 9:50

Merci beaucoup Margaux, tes réponses m'ont bien éclairée sur certaines questions même si la plupart n'étaient pas au programme. Wink

Marion Lemee

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Re: Concours UPF 2014-2015

Message par Invité le Ven 7 Avr - 10:53

Bonjour à tous,
Merci Margaux pour toutes ces explications ! Tu aides à la compréhension du cours !!!

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Re: Concours UPF 2014-2015

Message par Margaux le Ven 7 Avr - 10:55

Aucun soucis, si tu as d'autres questions, n'hésites pas !

Margaux

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Re: Concours UPF 2014-2015

Message par Juliette le Lun 10 Avr - 9:55

Ok merci beaucoup d'avoir pris le temps de me répondre (désolée du retard), merci pour les schémas et si tu es toujours d'accord (et si tu as le temps) je veux bien un tableau représentant les différentes molécules d'ADN (A, B et Z) et leurs caractéristiques

Juliette

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Re: Concours UPF 2014-2015

Message par Juliette le Lun 10 Avr - 12:12

Ah et si possible je veux bien les schémas expliquant comment les modèles de Fox et Holliday peuvent donner des produits de recombinaison ayant les mêmes séquences qu'avant la recombinaison s'il te plait, merci

Juliette

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Re: Concours UPF 2014-2015

Message par Teva Delucca le Lun 10 Avr - 16:32

Moi aussi j'veux bien les Schémas pour modèles de Fox et Holliday si ça dérange pas !
Merci d'avance =)

Teva Delucca

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Re: Concours UPF 2014-2015

Message par Margaux le Jeu 20 Avr - 22:50

Bonjour à tous,

Des questions de biomol m’ont été posées, je vous réponds donc sur le forum pour que vous puissiez tous en profiter. Ces questions concernent la correction de l’annale 2014-2015 Biomol de Mme Lopez.
Il y a en premier lieu la question, puis en gras ma réponse.


QCM 39 -C) Dans le système de réparation par excision de base (BER), les glycosylases lyases, à différance des glycolylases classiques, permettent la cassure d’une liaison phosphodiestérique.
elle met VRAI
sauf que c’est FAUX

cours : Les glycosylases lyases ne permettent pas la cassure d’une liaison phosphodiestériques mais une cassure à l’intérieur de la chaine sucre-phosphate ce qui aboutit à une double liaison.


les glycosylases avec activité lyase (donc elles vont avoir en plus une activité de cassure) : Elles reconnaissent les bases oxydées. Elles éliminent la base mais l’activité lyase fait qu’il y a une cassure au niveau de la chaine sucre-phosphate. Mais ce n’est pas une cassure de la liaison phosphodiestérique donc ce n’est pas une NIKE. Ce qui se passe c’est qu’il a une cassure à l’intérieur du désoxyribose qui entraine une double liaison.

Réponse : tout à été expliqué sur la correction que je vous ai donné. Tu comprends bien qu’une cassure, de n’importe quelle type, ne peut pas aboutir à la création d’une liaison.
Je te remets les fonctions d’une glycosylase lyase au cas ou :
Les glycosylases avec activité lyase ont pour fonction ;
- la reconnaissance de bases oxydées

- l’élimination de la base
- la coupure en 3’, donc phosphodiestérique (cf QCM du début)
- le désoxyribose avec double liaison.
Si tu coupes la liaison du sucre phosphate tu n’as absolument pas création d’une double liaison puisque tu casses ! Tu as deux chaines de nucléosides mais tu ne règles pas ton problème. Le nucléotide qui pose problème n’est pas enlevé. [/b][/b]

-E) Chez les Eucaryotes, les gènes codant pour les ARNr sont transcrits par les ARN polymérases I et III
elle met FAUX mais c VRAI

cours : les ARNr 28S, 5,8S et 18S sont transcrits par ARNpol I
dans le nucléole
et le 5S il est transcrit par ARNpol III dans le nucleoplasme


-pas sure pour celle la ?? :

Réponse : Je ne sais pas quoi dire de plus. J’ai tout marqué dans la correction. Ce que tu dis est, à mon sens, faux.
Malheureusement tout ne s’explique pas, il y a des choses que vous devez apprendre stupidement par cœur.


D) Les ligases font des liaisons phosphodiestériques entre 2 fragments d’ADN double brin
elle met VRAI

bizarre non ? la ligase colle les fragments d’okasaki entre eux , elle colle donc deux segments d’ADN simple brin vue que pendant la replication les deuxx brins sont séparés ???
genre okasaki ce sont des fragments d’adn du brin retardé qui sont collés ensuite entre eux par la ligase pour former un siple brin de l’ADN apres on a l’autre brin qui est le brin avance et ensuite formation de la double helice ??? jsais pas chelou

Réponse : J’avoue ne pas avoir tout compris dans la logique de la réflexion.
Ce qu’il faut retenir : les ligases sont la pour faire des liaisons tout simplement. Les liaisons entre les bases sont phosphodiestérique.
Sur le modèle d’Okasaki se sont des doubles brins mais on prend les brins séparement tout simplement.


Il ne me reste plus qu'à vous souhaitez bon courage. Ne lâchez rien, on vous attend tous avec impatience à Bordeaux !

Margaux

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